Senior Research Engineer in Computational Genomics and Scientific Software

Application Deadline 25 Oct 2026 2026-10-25 8:00:00 2026-10-25 18:00:00 Europe/Paris Research Engineer position in Computational Genomics and Scientific Software ********************************** French version at the end ********************************** Position: The Bioinformatics and Biostatistics Hub at Institut Pasteur is hiring a senior research engineer in bioinformatics. The engineer will dedicate 80% of her/his time to work […] "25-28 rue du Dr. Roux, 75015, Paris" Hervé Ménager herve.menager@pasteur.fr Add to Calendar iCalendarGoogle CalendarOutlookOutlook OnlineYahoo! Calendar French version at the end Position The Bioinformatics and Biostatistics Hub at Institut Pasteur is hiring a senior research engineer in bioinformatics. The engineer will dedicate 80% of her/his time to work in the team “sequence bioinformatics” headed by Dr. Rayan Chikhi. The remaining 20% will be devoted to technical contribution, training or teaching activities at the Institut Pasteur Bioinformatics Hub. Sequence Bioinformatics Team The sequence bioinformatics team is a specialized computational group that develops algorithms for processing massive biological datasets, such as those generated by next-generation sequencing. Although its members come from computer science and programming backgrounds, the group’s primary objective is to conduct computational research directly applicable to bioinformatics and biology. The group focus mainly on genomics and metagenomics, and to a lesser extent on pangenomics, transcriptomics, and proteomics. In practice, the group designs and implements algorithms and data structures within software tools, while collaborating with teams of biologists. Recent projects include the development of data structures for indexing vast collections of sequencing datasets, the creation of methods to improve bacterial genome assembly from long reads, and work on genome assembly and k-mers in general. Current projects focus on k-mers, de Bruijn graphs, genome assembly from short reads and PacBio HiFi data, and the development of a search engine dedicated to sequence data. The Bioinformatics and Biostatistics Hub The Bioinformatics And Biostatistics Hub Provides Analytical Support To Research Units And Platforms At The Institut Pasteur And Is Committed To This Mission Through Collaboration on scientific projects submitted by research teams of our institute to the Hub.Training scientific staff from the Institut Pasteur Paris or other Institutes of the International Pasteur Network.Development of tools and applications to be shared with the broader scientific community.Direct interaction with scientists upon specific inquiries. Duties The main mission of the position is to contribute to the scientific, methodological, and software development of bioinformatics research projects, with a focus on computational genomics, metagenomics, k-mer-based methods, analysis of ancient or degraded data, machine learning, and the scaling of software and analysis pipelines. The Successful Candidate Will Notably Be Responsible For Methodological and software development Develop new methods, software, and analysis pipelines, particularly for large-scale sequencing data, k-mer-based approaches, and machine-learning methodsDocument, maintain, and disseminate open-source scientific software, reproducible workflows, or tools integrated into shared environments such as Galaxy, where relevantKeep abreast of scientific and technological developments, and evaluate available tools and published methodsScientific valorization Contribute to the design, implementation, and writing of collaborative research projects as well as funding applicationsParticipate in the writing, submission, and revision of scientific publicationsExpertise and Advisory Participate to bioinformatics analysis projects submitted to the Bioinformatics and Biostatistics Hub and related to the scientific scope of the positionShare, advise and guide users and colleagues on the use of methods, tools, and best practices for the analysis of genomic, metagenomic, and paleogenomic data Profile The position requires an experienced profile combining methodological research in bioinformatics, scientific software development, and the analysis of large-scale sequencing data, with demonstrated experience in metagenomics, k-mer-based methods, ancient or degraded data analysis, and machine learning. Candidates must hold at least a Master’s-level degree (or equivalent) in bioinformatics, computer science, data science, computational biology, or a related discipline. Research experience at the PhD, postdoctoral, advanced research engineering, or equivalent level is strongly preferred. Required Skills Bioinformatics expertiseStrong command of high-throughput sequencing data: genomics, metagenomics, paleogenomics, assembly, mapping, quality control, k-mer-based methodsHands-on experience with machine-learning or deep-learning methods applied to sequencing data Software development and infrastructures Strong experience in scientific programming (Python and/or C/C++)Command of scientific computing environments: Linux, Bash, Git, HPC, containers, reproducible workflowsDevelopment of software/pipelines for vast collections of sequencing data on HPC and/or cloud infrastructures Research activity Contribution to scientific projects, publications, and funding applicationsScientific writing in English Transversal skills Autonomy, rigor, organizational skills, ability to carry a project through to publicationExcellent interpersonal skills and teamwork with a wide range of profiles (biologists, computer scientists, platforms…)Interest in open science, reproducibility, and tool dissemination Previous experience in developing tools for metagenomics, ancient DNA, large genome collections, k-mer-based methods, deep learning, cloud/HPC infrastructures, Galaxy, or reproducible bioinformatics workflows will be considered a significant advantage. Degree:Master degree in computer science, computational biology, bioinformatics or similar Contract:Permanent position Salary:According to profile and salary grid Application: https://hub-jobs2026-fall.pasteur.cloud/ Click On The Following Link And Submit Your Application https://hub-jobs2026-fall.pasteur.cloud/ Please, submit your updated CV and a cover letter (motivation letter). You may indicate contact information for references (3 max.). They will be automatically contacted when you validate your application. We are a team committed to foster a fair, inclusive and diverse work environment. Diversity has been scientifically established as a key factor to improve scientific objectivity. Hence, all applicants will be evaluated solely based on qualification regardless of gender, gender identity, sexual orientation, race or disability. Version Française Poste Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l’Institut Pasteur recrute un(e) ingénieur(e) de recherche senior en bioinformatique. L’ingénieur(e) consacrera 80 % de son temps à travailler au sein de l’équipe “Algorithmes pour les séquences biologiques” dirigée par Dr Rayan Chikhi. Les 20 % restants seront consacrés à des contributions techniques, des activités de formation ou d’enseignement au Hub de Bioinformatique et Biostatistique. Equipe Algorithmes pour les séquences biologiques L’équipe “Algorithmes pour les séquences biologiques” est un groupe spécialisé en calcul développant des algorithmes pour le traitement de données biologiques, telles que celles générées par le séquençage de nouvelle génération. Bien que ses membres soient issus de formations en informatique et en programmation, l’objectif principal du groupe est de mener des recherches en calcul directement applicables à la bioinformatique et à la biologie.Le groupe se concentre principalement sur la génomique et la métagénomique, et dans une moindre mesure sur la pangénomique, la transcriptomique et la protéomique. En pratique, le groupe conçoit et implémente des algorithmes et des structures de données au sein d’outils logiciels, tout en collaborant avec des équipes de biologistes. Parmi les projets récents figurent le développement de structures de données pour l’indexation de vastes collections de jeux de données de séquençage, la création de méthodes pour améliorer l’assemblage de génomes bactériens à partir de lectures longues, ainsi que des travaux sur l’assemblage de génomes et les k-mers en général. Les projets en cours portent sur les k-mers, les graphes de de Bruijn, l’assemblage de génomes à partir de lectures courtes et de données PacBio HiFi, ainsi que le développement d’un moteur de recherche dédié aux données de séquences. Le Hub Bioinformatique et Biostatistique Le Hub Bioinformatique Et Biostatistique Fournit Un Support Analytique Aux Unités De Recherche Et Aux Plateformes De L’Institut Pasteur Et S’engage Dans Cette Mission à Travers La collaboration sur des projets scientifiques soumis par les équipes de recherche de notre institut au Hub.La formation du personnel scientifique de l’Institut Pasteur Paris ou d’autres instituts du Réseau International Pasteur.Le développement d’outils et d’applications destinés à être partagés avec la communauté scientifique élargie.L’interaction directe avec les scientifiques pour des demandes spécifiques. Missions La mission principale du poste est de contribuer au développement scientifique, méthodologique et logiciel de projets de recherche en bioinformatique, avec un focus sur la génomique computationnelle, la métagénomique, les méthodes basées sur les k-mers, l’analyse de données anciennes ou dégradées, l’apprentissage automatique, et le passage à l’échelle des logiciels et des pipelines d’analyse. L’ingénieur(e) Retenu(e) Sera Notamment Responsable De Développement méthodologique et logiciel Développer de nouvelles méthodes, logiciels et pipelines d’analyse, en particulier pour les données de séquençage à large échelle, les approches basées sur les k-mers et les méthodes d’apprentissage automatiqueDocumenter, maintenir et diffuser des logiciels scientifiques open source, des workflows reproductibles ou des outils intégrés dans des environnements partagés tels que Galaxy, le cas échéantAssurer une veille scientifique et technologique active, et évaluer les outils disponibles et les méthodes publiéesValorisation scientifique Contribuer à la conception, à la mise en oeuvre et à la rédaction de projets de recherche collaboratifs ainsi qu’aux demandes de financementParticiper à la rédaction, à la soumission et à la révision de publications scientifiquesExpertise et accompagnementParticiper aux projets d’analyses bioinformatiques soumis au Hub Bioinformatique et Biostatistique et liés au périmètre scientifique du postePartager, conseiller et guider les utilisateurs et les collègues dans l’utilisation des méthodes, des outils et des bonnes pratiques pour l’analyse de données génomiques, métagénomiques et paléogénomiques Profil Le poste requiert un profil expérimenté combinant recherche méthodologique en bioinformatique, développement logiciel scientifique et analyse de données de séquençage à large échelle, avec une expérience démontrée en métagénomique, méthodes basées sur les k-mers, analyse de données anciennes ou dégradées, et machine learning. Les candidat(e)s doivent être titulaires d’au moins un diplôme de niveau Master (ou équivalent) en bioinformatique, informatique, science des données, biologie computationnelle ou dans une discipline connexe. Une expérience de recherche au niveau doctorat, post-doctorat, ingénieur de recherche confirmé(e) ou équivalent est fortement appréciée. Compétences Requises Expertise bioinformatique Solide maîtrise des données de séquençage à haut débit : génomique, métagénomique, paléogénomique, assemblage, mapping, contrôle qualité, méthodes basées sur les k-mersExpérience pratique de l’apprentissage automatique ou profond (machine/deep learning) appliqué aux données de séquençage Développement logiciel et infrastructures Solide expérience en programmation scientifique (Python et/ou C/C++)Maîtrise des environnements de calcul : Linux, Bash, Git, HPC, conteneurs, workflows reproductibles /li>Développement de logiciels/pipelines pour de vastes collections de données de séquençage sur HPC et/ou cloud Activité de recherche Contribution aux projets scientifiques, publications et demandes de financementRédaction scientifique en anglais Qualités transversales Autonomie, rigueur, sens de l’organisation, capacité à mener un projet jusqu’à la publicationExcellentes qualités relationnelles et travail en équipe avec des profils variés (biologistes, informaticiens, plateformes…)Intérêt pour la science ouverte, la reproductibilité et la diffusion des outils Une expérience préalable dans le développement d’outils pour la métagénomique, l’ADN ancien, de grandes collections de génomes, les méthodes basées sur les k-mers, l’apprentissage profond, les infrastructures cloud/HPC, Galaxy ou les workflows bioinformatiques reproductibles sera considérée comme un avantage significatif.. Diplôme:Master en informatique, biologie computationnelle, bioinformatique ou domaine similaire. Contrat:Poste permanent CDI Salaraire:Selon profil et grille salariale Candidature : https://hub-jobs2026-fall.pasteur.cloud/ Cliquez sur le lien suivant et déposer votre candidature: https://hub-jobs2026-fall.pasteur.cloud/ Veuillez soumettre votre CV à jour et une lettre de motivation (lettre de candidature). Vous pouvez indiquer les coordonnées de personnes pour des recommandation (3 maximum). Elles seront automatiquement contactées lorsque vous validerez votre candidature.  Nous sommes une équipe engagée pour favoriser un environnement de travail juste, inclusif et diversifié. La diversité a été scientifiquement établie comme un facteur clé pour améliorer l’objectivité scientifique. Ainsi, tous les candidat.es seront évalué.es uniquement sur la base de leurs qualifications, sans distinction de genre, d’identité de genre, d’orientation sexuelle, de race ou de handicap. Published on: 02 Oct 2026